Theo tờ trình, Chính phủ đề nghị Quốc hội cho phép Tp HCM được thí điểm áp dụng cơ chế, chính sách đặc thù về quản lý đất đai, quản lý đầu tư, quản lý tài chính - ngân sách, cơ chế ủy quyền giữa các cấp chính quyền và thu nhập của cán bộ, công chức, viên chức thuộc thành phố quản lý.
Các đề xuất này là bảo đảm tuân thủ Hiến pháp và khung khổ pháp luật, phù hợp chủ trương định hướng của Đảng, Quốc hội – tờ trình của Chính phủ nhấn mạnh.
Cụ thể, về quản lý đất đai, Chính phủ đề nghị thí điểm giao cho HĐND thành phố quyết định việc chuyển mục đích sử dụng đất trồng lúa từ 10 ha trở lên nhưng phải đảm bảo diện tích đất trồng lúa theo quy định của Chính phủ trong mỗi kỳ kế hoạch sử dụng đất (nội dung này theo quy định của Luật Đất đai 2013 là thẩm quyền của Thủ tướng).
Về quản lý đầu tư, Chính phủ đề nghị giao cho HĐND thành phố quyết định chủ trương đầu tư đối với các dự án nhóm A sử dụng ngân sách của Thành phố theo quy định của Luật đầu tư công, trừ dự án quy định tại điểm a, b, c và d khoản 1 Điều 8 của Luật đầu tư công (nội dung này thuộc thẩm quyền của Thủ tướng). Đồng thời quy định về trình tự, thủ tục quyết định thực hiện như đối với dự án nhóm B đã giao cho Thành phố thực hiện, nhưng bổ sung thêm điều kiện phải có báo cáo tiền khả thi.
Về quản lý tài chính, đề nghị giao thành phố được thực hiện thí điểm đối với Luật thuế tài sản, tăng thuế suất đối với các sắc thuế khác (trừ thu từ hoạt động xuất nhập khẩu), tăng mức phí, lệ phí; ban hành chính sách thu phí, lệ phí mới. Đồng thời quy định UBND thành phố phải lập đề án để trình HĐND thành phố xem xét báo cáo Chính phủ để trình Ủy ban thường vụ Quốc hội quyết định.
Chính phủ đề nghị các khoản thu tăng thêm do điều chỉnh chính sách thu trên, ngân sách thành phố được hưởng 100% và không dùng để xác định tỷ lệ phần trăm (%) đối với các khoản thu phân chia giữa ngân sách trung ương và ngân sách Thành phố.
Chính phủ cũng đề nghị cho phép HĐND thành phố được quyết định dự toán ngân sách thành phố, phân bổ ngân sách cấp mình bảo đảm phù hợp với các định hướng phát triển các lĩnh vực quan trọng của Chính phủ, Quốc hội. Đồng thời, thành phố được sử dụng nguồn tiền lương cán bộ công chức còn dư để tăng chi đầu tư, mua sắm... Được tự quyết phát hành trái phiếu chính quyền địa phương, vay từ các tổ chức tài chính trong nước, các tổ chức trong nước khác và từ nguồn Chính phủ vay ngoài nước về cho Thành phố vay lại với mức dư nợ vay không vượt quá 90% số thu ngân sách thành phố được hưởng theo phân cấp.
Tổng mức vay và bội chi ngân sách của TPHCM hàng năm do Quốc hội quyết định theo quy định của Luật ngân sách nhà nước – tờ trình của Chính phủ đề nghị.
Hàng năm, thành phố được bổ sung có mục tiêu từ ngân sách trung ương tương ứng 70% số tăng thu ngân sách trung ương từ các khoản thu phân chia giữa ngân sách trung ương và ngân sách thành phố so với dự toán Thủ tướng Chính phủ giao (phần còn lại sau khi thực hiện thưởng vượt thu).
Ngân sách thành phố được hưởng 50% khoản thu tiền sử dụng đất khi bán tài sản nhà nước gắn với tài sản trên đất theo quy định của Luật quản lý, sử dụng tài sản nhà nước (sau khi đã khấu trừ kinh phí di dời, xây dựng cơ sở vật chất tại địa điểm mới) do các cơ quan, tổ chức, đơn vị thuộc trung ương quản lý trên địa bàn Thành phố (trừ các cơ quan, đơn vị thuộc lĩnh vực quốc phòng, an ninh).
Chính phủ cũng đề nghị cho Tp HCM được hưởng số thu từ cổ phần hóa của các doanh nghiệp nhà nước do thành phố quản lý và phần thu được từ thoái vốn nhà nước tại các tổ chức kinh tế do UBND thành phố làm đại diện chủ sở hữu.
Tờ trình Chính phủ cho biết, Tp HCM sẽ sử dụng nguồn thu này và ngân sách thành phố để đầu tư phát triển cơ sở hạ tầng kinh tế - xã hội, kể cả đầu tư cho các dự án chống ngập và 2 bệnh viện tuyến cuối của Thành phố. Ngân sách trung ương sẽ không bổ sung cho Thành phố 18.800 tỷ đồng từ nguồn thu cổ phần hóa để thực hiện các dự án này như dự kiến trong Kế hoạch đầu tư công trung hạn giai đoạn 2016-2020.
Về cơ chế ủy quyền và thu nhập của cán bộ, công chức, viên chức thuộc Tp HCM quản lý, Chủ tịch thành phố được ủy quyền cho Chủ tịch UBND quận, huyện và Thủ trưởng cơ quan chuyên môn thuộc UBND TPHCM trong phạm vi quyền hạn của Chủ tịch UBND thành phố. Giao cho UBND thành phố quy định việc ủy quyền của chủ tịch UBND quận, huyện cho chủ tịch UBND xã, phường, thị trấn.
HĐND TPHCM quyết định chi trả mức thu nhập bình quân tăng thêm cho cán bộ, công chức, viên chức thuộc thành phố quản lý và mức lương phù hợp với các chuyên gia, nhà khoa học, tài năng đặc biệt trong khả năng, phạm vi ngân sách của Thành phố. Việc thực hiện các quy định này phải gắn với việc sắp xếp bộ máy tổ chức, tinh giản biên chế theo chủ trương của Đảng, Nhà nước.
UBND TPHCM được điều chỉnh tên gọi, chức năng, nhiệm vụ các phòng thuộc các cơ quan chuyên môn thuộc UBND Thành phố, để phù hợp với đặc điểm của Thành phố.