Cuộc thanh tra được thực hiện tại Dự án xây dựng cầu Phú Mỹ; Dự án xây dựng đường kết nối vào cầu Phú Mỹ; Dự án cải tạo, nâng cấp Quốc lộ 1A, đoạn An Sương - An Lạc; Dự án Xa Lộ Hà Nội; Dự án cầu Bình Triệu II; Dự án Xây dựng đường nối từ Nguyễn Duy Trinh vào Khu công nghiệp Phú Hữu theo hình thức BOT, BT.
Thanh tra Chính phủ cho biết, UBND TP. HCM đã không thực hiện xây dựng danh mục dự án, không thực hiện công bố danh sách dự án hoặc thực hiện công bố dự án chậm theo quy định. Công tác lựa chọn nhà đầu tư chủ yếu thực hiện theo hình thức chỉ định thầu (dự án xây dựng cầu Phú Mỹ thực hiện theo hình thức đấu thầu; Dự án cải tạo, nâng cao quốc lộ 1A, đoạn An Sương - An Lạc và Dự án Xây dựng đường nối từ đường Nguyễn Duy Trinh vào Khu Công nghiệp Phú Hữu có ý kiến của Thủ tướng Chính phủ) không theo đúng quy định. Điều này đã dẫn đến không phát huy đực nguồn lực xã hội, không tạo tính cạnh tranh giữa các nhà đầu tư, khó có thể xác định việc lựa chọn được nhà đầu tư có năng lực tài chính và tính hiệu quả của dự án khi triển khai.
UBND TP. HCM còn tổ chức lập dự án khả thi hoặc chỉ đạo nhà đầu tư lập dự án đầu tư, tổ chức thẩm định, phê duyệt dự án khả thi, triển khai thực hiện hoặc để cho các đơn vị thực hiện chưa đầy đủ, chậm trể, sai quy định dẫn đến việc đánh giá dự án chưa đảm bảo tính chính xác, khách quan. Trách nhiệm thuộc về Sở Giao thông vận tải, Sở Kế hoạch và Đầu tư, các cơ quan liên quan. Riêng đối với việc thẩm định và phê duyệt Dự án cải tạo nâng cấp Quốc lộ 1A đoạn An Sương - An Lạc giai đoạn 2000-2010 thuộc về Bộ Giao thông vận tải và các cơ quan chuyên môn của Bộ.
Bên cạnh đó, các Hợp đồng được ký kết với các nhà đầu tư chưa đủ trình tự thủ tục, điều khoản mâu thuẫn, sai quy định, tổng vốn đầu tư tăng sai,... dẫn đến khai thác phí hoàn vốn không đúng quy định.
Theo Thanh tra Chính phủ, hầu hết các dự án trên đều chậm tiến độ không được triển khai theo đúng kế hoạch công tác giải phóng mặt bằng; năng lực của chủ đầu tư còn yếu, thiếu thanh toán cho nhà thầu (Dự án cải tạo, nâng cấp Quốc lộ 1A, đoạn An Sương - An Lạc); thẩm định phê duyệt thiết kế kỹ thuật, bảo lãnh vay vốn nước ngoài bị chậm (Dự án xây dựng cầu Phú Mỹ). Việc chậm này dẫn đến giảm doanh thu, tăng chi phí, giảm hiệu quả lãng phí vốn đầu tư.
Trong công tác đấu thầu và lựa chọn nhà thầu đã để xảy ra nhiều sai phạm, một số dự án trong quá trình triển khai thực hiện đã không thực hiện đúng các quy định về lựa chọn nhà thầu, không lập kế hoạch đấu thầu, lập hồ sơ mời thầu, tổ chức đấu thầu, chấm thầu, thẩm định kết quả trúng thầu nhưng cơ quan thẩm quyền không kiểm tra việc đăng tải thông tin về đấu thầu và lựa chọn nhà thầu theo quy định. Việc này dẫn đến việc lựa chọn nhà thầu chưa đảm bảo năng lực tài chính và kỹ thuật tốt.
Đặc biệt công tác nghiệm thu thanh toán, quyết toán như nhà đầu tư đã lập hồ sơ chậm (Dự án xây dựng cầu Phú Mỹ, Dự án cải tạo, nâng cấp Quốc lộ 1A, đoạn An Sương - An Lạc); không phê duyệt điều chỉnh dự án, điều chỉnh tổng mức đầu tư nhưng đã lập hồ sơ đề nghị quyết toán dự án (dự án xây cầu Phú Mỹ); chậm xác định lại thời gian khai thác và hoàn vốn dự án (Dự án cải tạo, nâng cấp Quốc lộ 1A, đoạn An Sương - An Lạc); thu phí vượt phương án tài chính nhưng chưa chuyển trả Thành phố và đưa khoản ứng vốn cho Thành phố vào phương án tài chính chưa đúng thủ tục (Dự án cầu Bình Triệu II); Nghiệm thu không đúng một số chi phí quản lý, chi phí xây lắp, chi phí trung tu, chi phí thuê nhà (Dự án xây dựng đường kết nối vào cầu Phú Mỹ, Dự án mở rộng Xa lộ Hà Nội, Dự án cải tạo, nâng cấp Quốc lộ 1A, đoạn An Sương - An Lạc, Dự án xây dựng đường nối từ đường Nguyễn Duy Trinh vào Khu công nghiệp Phú Hữu).
Trên cơ sở đó, Thanh tra Chính phủ kiến nghị UBND TP. HCM xem xét xử lý sai phạm hơn 2.172 tỷ đồng của các dự án trên.
