Mẫu xe bắt đầu được sản xuất từ năm 1958, mười năm sau khi hãng Honda Motor Co. thành lập. Super Cub được phát triển dưới sự lãnh đạo của Soichiro Honda, người sáng lập ra công ty. Tháng 5/1959, Honda sản xuất hơn 10.000 chiếc Super Cub C100, con số này tăng lên hơn 20.000 chiếc trong tháng 12/1959, cao nhất trong phân khúc 50 phân khối khi đó. Đến năm 2008, Honda sản xuất 60 triệu chiếc Super Cub và đến 2014 là 87 triệu. Triển lãm Tokyo Motor Show 2017 đánh dấu chiếc xe thứ 100 triệu xuất xưởng. Super Cub là xe máy được sản xuất nhiều nhất trong lịch sử.
Chiếc scooter trở nên phổ biến tại nhiều nơi trên thế giới nhờ thiết kế đặc trưng và sự tiện dụng. Với khả năng tiết kiệm nhiên liệu và sự bền bỉ vượt trội, Super Cub còn được sử dụng cho các dịch vụ giao nhận thực phẩm và báo chí. Hiện Super Cub được sản xuất tại 15 địa điểm khác nhau và bán ra tại hơn 160 quốc gia và vùng lãnh thổ.
Cho đến gần đây, mẫu xe Super Cub dành cho thị trường Nhật Bản vẫn được sản xuất tại một nhà máy ở Trung Quốc. Nhưng Honda đã chuyển địa điểm sản xuất sang nhà máy tại Ozu để cho ra thị trường những phiên bản mới sẽ được bán ra vào tháng 11.
Đó là phiên bản nâng cấp của Super Cub 50 và 110 phân khối với cả hai phiên bản tiêu chuẩn và Pro giá từ hơn 2.000 USD.
Phiên bản mới sử dụng đèn LED, động cơ 4 kỳ xi-lanh đơn với những tinh chỉnh nhờ công nghệ cao với xi-lanh và piston cứng hơn và giảm độ ma sát. Đồng thời để đáp ứng các tiêu chuẩn khí thải hiện hành tại Nhật, động cơ tích hợp hệ thống phun xăng điện tử PGM của Honda, hệ thống xả sử dụng bộ giảm thanh mới tích hợp bộ xúc tác xử lý khí thải hai giai đoạn.