Sau khi Thanh tra Chính phủ thực hiện kiểm tra việc chấp hành chính sách pháp luật trong quản lý, sử dụng vốn, tài sản tại Tổng công ty Đường sắt Việt Nam, đã phát hiện việc đấu thầu các dự án hầu hết để chậm, không đăng tải các thông tin đấu thầu theo đúng quy định. Tại một số dự án, chủ đầu tư phê duyệt kế hoạch đấu thầu khi chưa có dự toán được duyệt.
Cụ thể, khi tiến hành kiểm tra Tổng công ty Đường sắt Việt Nam, Thanh tra Chính phủ cho biết, các tài sản hình thành từ dự án 300 toa xe hàng, lắp ráp đầu máy kể trên đã đưa vào sử dụng từ năm 2011 nhưng thời điểm Thanh tra Chính phủ vào cuộc kiểm tra và tháng 1/2015 chưa được quyết toán là sai quy định. Các dự án đầu tư xây dựng giai đoạn 2010 - 2013 thì có tới 24/31 dự án chậm tiến độ; nhiều dự án chậm tiến độ nhiều năm.
Trong đó, việc Tổng công ty Đường sắt Việt Nam chỉ định nhà thầu là Công ty TNHH Đầu máy Tư Dương thuộc Tập đoàn Đầu máy Toa xe Phương Nam (Trung Quốc) trúng gói thầu cung cấp thiết bị tổng thành, phụ kiện phục vụ lắp ráp chế tạo đầu máy D19E, thuộc dự án với giá gói thầu trên 14.566.000 USD, nhưng không có trong kế hoạch đấu thầu của dự án được duyệt là sai quy định được nêu trong Nghị định số 85/2009 của Chính phủ.
