Trước đó, ông Phùng Đình Thực bị khởi tố bị can và ra tòa cùng 21 bị can khác, bao gồm cả các ông Đinh La Thăng – nguyên Chủ tịch Tập đoàn dầu khí quốc gia Việt Nam (PVN) và Trịnh Xuân Thanh – Nguyên Chủ tịch HĐQT Tổng công ty cổ phần xây lắp dầu khí (PVC).
Tại phần tuyên án vụ án này, ông Phùng Đình Thực bị tuyên phạt 9 năm tù về tội Cố ý làm trái quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng (khoản 3, Điều 165 Bộ Luật hình sự 1999), và phải bồi thường 7,5 tỷ đồng cho Nhà nước.
Sau khi án tuyên, ông Phùng Đình Thực đã kháng cáo toàn bộ án tuyên với ông. Trong đơn kháng cáo, ông Thực cho rằng không chỉ đạo PVC ký hợp đồng số 33 sai quy định.
Đồng thời, ông cũng khẳng định việc Hội đồng xét xử phiên sơ thẩm xác định ông chỉ đạo, thúc ép ký hợp đồng này tại các biên bản giao ban của PVN là sai.
Đơn kháng cáo của ông Phùng Đình Thực khẳng định ông "không chỉ đạo ấn định thời gian khởi công, vì đã được Hội đồng thành viên xác định trước đó”. Đồng thời, cũng đơn này nêu thời điểm khởi công dự án còn được Phó Tổng giám đốc tập đoàn phụ trách điện ấn định cụ thể là quý I/2011 (tại văn bản số 11370 ngày 14/12/2010 kết luận cuộc họp ngày 10/12/2010).
Đặc biệt, ông Phùng Đình Thực khẳng định ông không được báo cáo về hợp đồng số 33 không có giá trị pháp lý.
Đơn kháng cáo của ông Phùng Đình Thực cũng khẳng định ông không ký các quyết định cấp vốn tạm ứng, phiếu chi tạm ứng cho Ban quản lý dự án nhà máy Nhiệt điện Thái Bình 2.
Theo đánh giá của ông Phùng Đình Thực, hội đồng xét xử sơ thẩm của Toàn án nhân dân thành phố Hà Nội đã “chưa cá thể hóa hành vi, trách nhiệm của từng bị cáo trong Ban tổng giám đốc PVN, dẫn đến chưa đánh giá đúng vai trò, trách nhiệm của tôi trong việc chỉ đạo thực hiện Dự án nhà máy Nhiệt điện Thái Bình 2".
Đồng thời, đơn ông Thực cho biết ông chính là người “ký quyết định miễn nhiệm lãnh đạo PVC ngay sau khi tổng công ty này có một năm kinh doanh thua lỗ"
Dự án Nhà máy nhiệt điện Thái Bình 2, tổng mức đầu tư gần 1,7 tỷ USD.
Theo Tòa án nhân dân thành phố Hà Nội, ngày 18/6/2010, ông Đinh La Thăng – Chủ tịch PVN - đã ký Nghị quyết giao PVC thực hiện gói thầu EPC dự án nhiệt điện này khi chưa có đánh giá về năng lực, kinh nghiệm của doanh nghiệp này và cũng thực hiện thủ tục chọn nhà thầu.
Một loạt các sai phạm khác trong trình tự, thủ tục cho dự án này đã dẫn tới việc PVN chi tạm ứng sai cho PVC hơn 6,6 triệu USD và hơn 1.300 tỷ đồng.
PVC đã sử dụng hơn 1.115 tỷ đồng trong số tiền này vào mục đích khác, không đưa vào dự án. Sau khi thu hồi, số tiền bị thiệt hại theo cáo trạng là hơn 119 tỷ đồng.