Kết luận của Ban Bí thư khẳng định: “Các vi phạm của bà Phan Thị Mỹ Thanh là rất nghiêm trọng, gây bức xúc trong cán bộ, đảng viên và nhân dân, làm ảnh hưởng xấu đến uy tín của tổ chức đảng và cá nhân bà Thanh. Trong thời gian làm Giám đốc Sở Công nghiệp từ năm 2003 đến tháng 01-2009, bà Phan Thị Mỹ Thanh đã thiếu trách nhiệm trong thực thi nhiệm vụ, công vụ;
Không chỉ đạo xây dựng cơ sở hạ tầng của Dự án khu tập thể Nhà máy dệt Thống Nhất trong khi đã thu tiền của các hộ dân; đồng ý để kế toán Sở Công nghiệp gửi số tiền còn lại của Dự án vào Công ty Gỗ Tân Mai.
Khi chuyển công tác, bà Thanh đã không bàn giao dự án cho người kế nhiệm, dẫn đến khiếu kiện đông người, kéo dài, ảnh hưởng đến tình hình an ninh, trật tự của địa phương, gây hậu quả nghiêm trọng, làm giảm uy tín của cơ quan quản lý nhà nước”.
Quyết định của Ban Bí thư được đưa ra sau khi xem xét đề nghị của Ủy ban Kiểm tra Trung ương tại Tờ trình số 111-TTr/UBKTTW, ngày 27-4 về việc đề nghị xem xét, thi hành kỷ luật đối với bà Phan Thị Mỹ Thanh.
Các sai phạm của bà Phan Mỹ Thanh:
Sai phậm lần 1:
Đầu tháng 7-2017, Ủy ban Kiểm tra Trung ương xác định vi phạm của bà Thanh là nghiêm trọng:
- Vi phạm Luật phòng chống tham nhũng, tham gia điều hành công ty TNHH Cường Hưng là công ty của chồng, ký các văn bản trái luật…
- Trong thời gian làm phó chủ tịch UBND tỉnh, ký văn bản lấy ngân sách Nhà nước cho doanh nghiệp của chồng (Hợp tác xã An Phát) để bồi thường giải phóng mặt bằng dự án BOT Tân Cang (TP. Biên Hòa) trái pháp luật
- Kê khai tài sản, thu nhập không đầy đủ, không đúng quy định của Đảng và Nhà nước
Sai phạm lần 2:
Giữa tháng 3-2018, Ủy ban kiểm tra Trung ương thông báo kết quả kiểm tra các dấu hiệu sai phạm đối với Ban thường vụ Tỉnh ủy Đồng Nai (nhiệm kỳ 2015-2020), trong xác định bà Thanh có thêm nhiều sai phạm:
- Gây ra hậu quả rất nghiêm trọng khi làm dự án khu tập thể Sở Công thương.
- Trong thời gian làm phó Chủ tịch UBND tỉnh Đồng Nai vi phạm nguyên tắc tập trung dân chủ, ký nhiều văn bản trái quy định, ưu ái cho công ty gia đình
- Vi phạm nghiêm trọng quy định của Đảng trong việc đi nước ngoài…
Giữa tháng 4, Thanh tra Chính phủ chính thức công bố sai phạm tại Công ty TNHH Cường Hưng. Đây cũng là công ty chồng mà bà Thanh đặt bút ký các văn bản trái luật.
Trong tháng 4-2018, Ban thường vụ Tỉnh ủy Đồng Nai đã chỉ đạo các ban đảng tổ chức kiểm điểm tập thể, cá nhân có liên quan đến các sai phạm. Đối với trường hợp bà Thanh, ban chấp hành Đảng bộ tỉnh Đồng Nai đã bỏ phiếu đề nghị khai trừ ra khỏi Đảng.