Trước đó, Thủ tướng Chính phủ đã có công văn chỉ đạo điều tra, làm rõ những khuất tất trong gói thầu xe buýt tuyến số 72 và 82 do Sở GTVT Hà Nội làm chủ đầu tư. Cục Cảnh sát điều tra tội phạm về kinh tế và tham nhũng (C46) – Bộ Công an – đã vào cuộc xác minh làm rõ một số sai phạm trong vụ việc này.
Theo kết quả xác minh của cơ quan Công an, hồ sơ dự thầu của Công ty Bảo Châu có nhiều nội dung cơ bản không chính xác, số liệu chênh lệch nhau khá lớn.
Cụ thể, Công ty cổ phần Dịch vụ và Vận tải Bảo Châu đã tham gia đấu thầu gói thầu vận tải hành khách công cộng bằng xe buýt, tuyến số 82 chạy bến xe Yên Nghĩa – bến xe Tế Tiêu (được trợ giá của ngân sách thành phố Hà Nội) do Trung tâm Quản lý và Điều hành giao thông đô thị - đại diện cho Sở GTVT - tổ chức.
Tuy nhiên, Công ty Bảo Châu đã có hành vi gian dối trong việc kê khai năng lực tài chính, khai tăng không đúng sự thật về doanh thu các năm 2012, 2013, 2014, vi phạm vào các hành vi bị cấm trong quy định về thủ tục đấu thầu tại khoản 4, điều 89 Luật Đấu thầu.
Trước đó, nhiều doanh nghiệp đã phản ứng, khẳng định có khuất tất, gian lận trong đấu thầu 2 tuyến xe buýt trợ giá số 72 (bến xe Yên Nghĩa đến Xuân Mai), và tuyến xe buýt 82 (bến xe Yên Nghĩa đến Tế Tiêu) để thực hiện Đề án phát triển vận tải hành khách công cộng bằng xe buýt giai đoạn 2016 - 2020
Việc gian lận, khuất tất đã dẫn đến việc doanh nghiệp trúng thầu không đủ năng lực, chậm triển khai gói thầu, vi phạm hợp đồng thầu. Trong khi doanh nghiệp có năng lực, kinh nghiệm thì lại trượt thầu.