Cụ thể, Dân trí cho biết Bộ Y tế cho rằng, kiến nghị của Bộ Công thương là không phù hợp vì theo chức năng nhiệm vụ của Bộ Y tế không quản lý hoạt động về hội và không phải là đơn vị chủ trì kiểm tra Vinastas.
Trong giai đoạn xem xét vụ việc, Bộ Y tế đã cùng với Bộ Công Thương, Bộ NNPTNT và các cơ quan chức năng cùng lấy 243 mẫu nước mắm khác nhau của 82 cơ sở tại 5 tỉnh thành: Hà Nội, TPHCM, Khánh Hoà, Ninh Thuận, Bình Thuận. Sau khi kiểm tra, ngày 22/10, Bộ Y tế đã cơ bản báo cáo Thủ tướng Chính phủ về kết quả kiểm tra và công bố thông tin trên các phương tiện đại chúng.
Đồng thời, khi kiểm tra Vinastas (do Bộ Công Thương chủ trì), Bộ Y tế cũng đã tham gia phối hợp. Tuy nhiên, khi xem xét, xử lý các hành vi có dấu hiệu vi phạm của Vinastas theo quy định thì bộ Bộ Y tế không thể tiếp nhận vì không quản lý hoạt động về hội và cũng không phải là đơn vị chủ trì kiểm tra Vinastas.
Trước đó, Bộ Công Thương đã khẳng định kết quả khảo sát nước mắm của Vinatas là không đảm bảo tính độc lập, tin cậy và minh bạch. Cụ thể là Vinastas không xây dựng đề án, kế hoạch khảo sát rõ ràng, việc khảo sát chủ yếu do Chủ tịch và một số cá nhân thực hiện, nhiều khâu không được các cấp có thẩm quyền của Vinastas phê duyệt và giám sát. Quá trình lấy (mua) mẫu thiếu tin cậy. Toàn bộ 150 mẫu đã mua không có hóa đơn theo quy định của Bộ Tài chính, chỉ có hóa đơn bán lẻ, hóa đơn bán hàng, bản kê bán hàng của nơi bán (89 mẫu); 61 mẫu chỉ có bảng kê do cán bộ đi mua tự lập.
Bên cạnh đó, theo thông tin do Vinastas cung cấp, hoạt động khảo sát được thực hiện dưới sự tài trợ từ tổ chức bên ngoài, vì vậy, cũng không đảm bảo tính độc lập như quy định tại Điều 28, Luật Bảo vệ quyền lợi người tiêu dùng.
Đặc biệt, theo kết luận của Bộ Công Thương, khi công bố thông tin liên quan đến khảo sát nước mắm Vinastas lại đồng nhất khái niệm arsen với “thạch tín” - một chất cực độc. Đồng thời, Vinastas còn khẳng định “95,65% số mẫu khảo sát có độ đạm từ 40 độ trở lên được đánh giá là hàm lượng thạch tín vượt ngưỡng quy định” là không đúng, không có cơ sở khoa học và gây nhầm lẫn, hoang mang cho người tiêu dùng. Sau đó, Vinastas lại công bố thông tin “104 (69%) mẫu nước mắm không đạt chỉ tiêu về arsen (thạch tín) - một loại á kim cực độc” là hoàn toàn không chính xác, không có căn cứ khoa học và pháp lý, gây hoảng loạn và bức xúc trong xã hội, có dấu hiệu vi phạm quy định tại Khoản 12 Điều 5 Luật An toàn thực phẩm: “Đăng tải, công bố thông tin sai lệch về an toàn thực phẩm gây bức xúc cho xã hội hoặc thiệt hại cho sản xuất, kinh doanh” - Bộ Công thương kết luận.
Tuy nhiên, sau khi đã chủ trì trong hầu hết các hoạt động kiểm tra, xem xét vi phạm và trách nhiệm của Vinastas trong sự cố arsen trong nước mắm, Bộ Công thương "đá" việc xử lý sang Bộ Y tế, và Bộ Y tế "trả" lại trách nhiệm cho Bộ Công thương thấy dường như các cơ quan chức năng cũng không rõ phải xử lý Vinastas như thế nào, căn cứ vào đâu.