Quần thể khu di tích Quốc gia đặc biệt Văn Miếu - Quốc Tử Giám có tổng diện tích khoảng 54.331m2, gồm 3 khu vực chính: Nội tự, hồ Văn và vườn Giám. Trong đó, tại gò Kim Châu thuộc hồ Văn còn tồn tại công trình xây dựng miếu thờ tự phát.
Để có cơ sở bảo tồn, tôn tạo và phát huy giá trị di sản vật thể, phi vật thể và có kế hoạch cụ thể triển khai các dự án đầu tư xây dựng trong khu di tích, UBND Thành phố đề nghị Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch xem xét, có văn bản trình Thủ tướng Chính phủ chấp thuận chủ trương giao UBND Thành phố chủ trì lập Quy hoạch tổng thể bảo tồn và phát huy giá trị khu di tích Quốc gia đặc biệt Văn Miếu - Quốc Tử Giám.
Ngoài ra, để ổn định công tác quản lý khu vực hồ Văn và bảo tồn, phát huy giá trị khu di tích Quốc gia đặc biệt, UBND thành phố Hà Nội cũng đã đề nghị Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch xem xét, chấp thuận chủ trương cho phép lập Báo cáo kinh tế kỹ thuật tôn tạo, phục dựng tòa Phương Đình trên gò Kim Châu thuộc hồ Văn, khu di tích Quốc gia đặc biệt Văn Miếu - Quốc Tử Giám, quận Đống Đa, thành phố Hà Nội.
Kinh phí thực hiện từ nguồn thu phí để lại của Trung tâm Hoạt động Văn hóa Khoa học Văn Miếu - Quốc Tử Giám.
Trước đó, vào ngày 13/9/2016, một số người dân lén lút chở vật liệu xây dựng vào gò Kim Châu-Hồ Văn, khu di tích Văn Miếu - Quốc Tử Giám để xây dựng không phép điện thờ. Dù đã bị nhắc nhở nhưng tới đêm 13/9 một số người dân còn tổ chức hô thần nhập tượng, nhảy đồng tại đây.
Vụ việc đã bị phát hiện, các cơ quan chức năng tiến hành phá dỡ công trình xây dựng trái phép công trình này.