Tổ công tác gồm 11 người. Trong đó, ông Vũ Duy Tuấn, Phó Giám đốc Sở Kế hoạch và Đầu tư Hà Nội làm Tổ trưởng; các ông Trần Thanh Hải, Phó Chánh Thanh tra TP. Hà Nội, Đồng Phước An, Phó Giám đốc Sở Xây dựng Hà Nội làm Tổ phó; và 08 thành viên hầu hết là lãnh đạo các sở, ban, ngành, địa phương tại Hà Nội.
Ông Nguyễn Đức Chung giao trách nhiệm cho Tổ công tác phải đôn đốc, các sở, ngành, UBND các quận, huyện, Nhà đầu tư và các đơn vị liên quan thực hiện nghiêm Kết luận của Thanh tra Chính phủ, chỉ đạo Tập thể lãnh đạo UBND TP. Hà Nội về việc thực hiện một số dự án đầu tư theo hình thức hợp đồng BT, BOT trong lĩnh vực giao thông, môi trường.
Tổ công tác có trách nhiệm tham mưu UBND TP. Hà Nội chỉ đạo xử lý các khó khăn, vướng mắc phát sinh trong quá trình thực hiện và tổng hợp kết quả thực hiện, tham mưu UBND TP báo cáo Thủ tướng và Thanh tra Chính phủ.
Trước đó, ngày 16/6/2017 của Thanh tra Chính phủ đã ban hành Kết luận thanh tra số 1422/KL-TTCP về việc chấp hành quy định pháp luật trong việc thực hiện một số dự án đầu tư theo hình thức hợp đồng BT, BOT trong lĩnh vực giao thông, môi trường trên địa bàn TP. Hà Nội.
Qua thanh tra, Thanh tra Chính phủ phát hiện UBND TP. Hà Nội chưa thực hiện đúng quy định về việc lập, phê duyệt, công bố danh mục các dự án đầu tư theo hình thức BT, BOT lĩnh vực giao thông và môi trường, giai đoạn 2008 -2012 gây ảnh hưởng đến việc lựa chọn nhà đầu tư để thực hiện chủ trương đầu tư, làm giảm hiệu quả đầu tư, giảm tính minh bạch và cạnh tranh công bằng.
Tại thời điểm thanh tra, trong số 15 dự án BT nhưng chỉ có 1 dự án được thực hiện theo hình thức đấu thầu, 14 dự án còn lại là chỉ định thầu.
Tiếp nữa, UBND TP. Hà Nội đã không thực hiện đúng quy trình lựa chọn nhà đầu tư, thẩm định, đánh giá năng lực đối với một số nhà đầu tư không chính xác, thiếu chặt chẽ; thậm chí là đã ký hợp đồng để thực hiện dự án đối với một số nhà đầu tư không đảm bảo năng lực theo quy định.
Các dự án được kiểm tra khi trình xin chủ trương lựa chọn Nhà đầu tư bằng hình thức chỉ định thầu đều có chung lý do cơ bản là "tính cấp bách, cấp thiết". Tuy nhiên UBND TP. Hà Nội không thực hiện đúng quy trình, quy định và không có tài liệu chứng minh, làm rõ thực trạng, mức độ chính xác của việc cấp bách, cấp thiết khi chỉ định Nhà đầu tư thực hiện các dự án.
Một số nhà đầu tư tại thời điểm được thẩm định, đánh giá và lựa chọn để thực hiện dự án trong khi năng lực về tài chính hạn chế, không đảm bảo năng lực.
Cụ thể, Công ty Cổ phần Tasco dù năng lực tài chính hạn chế nhưng vẫn được lựa chọn để thực hiện dự án đường Lê Đức Thọ - Xuân Phương; hay trường hợp của Tập đoàn Bitexco đối với dự án đường bao quanh khu tưởng niệm danh nhân Chu Văn An.
Thanh tra Chính phủ cho rằng, một số nội dung đầu tư, tổng mức đầu tư, dự toán của một số dự án BT đã được UBND TP. Hà Nội và các cơ quan trực thuộc thẩm định, phê duyệt chưa chính xác, chưa đúng chế độ quy định làm tăng tổng mức đầu tư dự án ảnh hưởng đến việc tính toán, sắp xếp các phương án giao đất đối ứng để xác định tiền sử dụng đất.
Cụ thể, Dự án nhà máy nước Yên Sở được khởi công xây dựng khi chưa có kết quả thẩm tra thiết kế cơ sở của Bộ Xây dựng và thẩm tra phê duyệt công nghệ của Sở Khoa học và Công nghệ Hà Nội; chưa cho phê duyệt dự án đầu tư.
Hàng loạt các vi phạm sau đó của nhà đầu tư về thiết kế, ký hợp đồng EPC…dù chưa được cơ quan chức năng thẩm định vẫn tiến hành triển khai dự án, trong khi các cơ quan quản lý thể hiện sự thiếu trách nhiệm khi không tiến hành kiểm tra, giám sát đối với dự án này.
Trong khi đó, Dự án đường Lê Đức Thọ - Xuân Phương công tác lập, thẩm định, phê duyệt tổng mức đầu tư của dự án này không chính xác làm tăng giá trị hợp đồng lên 19,5 tỷ đồng.
Dự án đường bao quanh khu tưởng niệm Chu Văn An cũng có sai phạm tương tự làm tăng tổng mức đầu tư lên hơn 12 tỷ đồng; công tác lập, phê duyệt dự toán thiết kế bản vẽ thi công của dự án này chưa chính xác cũng đã khiến cho số tiền tăng thêm 15,9 tỷ đồng.
Dự án nút giao thông Long Biên xảy ra hàng loạt sai phạm trong việc lập, thẩm định, phê duyệt tổng mức đầu tư làm tăng giá trị trên 34 tỷ đồng. Công tác lập, phê duyệt dự toán thiết kế bản vẽ thi công của dự án này chưa chính xác cũng đã khiến cho tăng thêm hơn 4,5 tỷ đồng.
Một số vi phạm khác về giải phóng mặt bằng, di dời, tính toán khối lượng dự toán…cũng đã khiến cho dự án đội thêm trên 12 tỷ đồng.
Dự án đường liên tỉnh Hà Nội - Hưng Yên dự toán điều chỉnh tổng mức đầu tư để điều chỉnh giá trị hợp đồng BT tính toán sai khối lượng tại một số hạng mục, áp dụng đơn giá và định mức không đúng, làm sai tăng giá trị tổng mức đầu tư hơn 14,4 tỷ đồng.
Dự án đường trục phía Nam, tỉnh Hà Tây cũ, cơ quan nhà nước có thẩm quyền thẩm định, phê duyệt và tính chi phí lãi vay 920 tỷ đồng trong tổng vốn đầu tư của dự án BT là chưa có cơ sở, dẫn đến việc xác định giá trị tổng mức đầu tư của để ký hợp đồng dự án tăng sai thêm 920 tỷ, gây ảnh hướng lớn đến việc xác định giá trị để giao đất của các dự án khác đối ứng dự án BT.
Ngoài ra, Thanh tra Chính phủ cũng cho rằng, việc giám sát thực hiện hợp đồng của UBND TP. Hà Nội và các cơ quan liên quan chưa chặt chẽ. Hầu hết các dự án đều chậm tiến độ, kéo dài thời gian thực hiện, phải gia hạn hợp đồng làm tăng chi phí đầu tư.
Trên cơ sở phát hiện hàng loạt sai phạm trên, Thanh tra Chính phủ kiến nghị Thủ tướng chỉ đạo UBND TP. Hà Nội xử lý trách nhiệm của lãnh đạo UBND TP. Hà Nội liên quan đến khuyết điểm, vi phạm trong việc lựa chọn Nhà đầu tư, thực hiện quy trình chỉ định Nhà đầu tư; đôn đốc, chỉ đạo, giám sát các đơn vị cấp dưới triển khai, thực hiênnj hợp đồng và các dự án đối ứng.
Thanh tra Chính phủ cũng kiến nghị UBND TP. Hà Nội thẩm tra, xem xét lại hàng loạt khoản chi phí, dự toán khác, trong đó đáng chú ý là khoản chi phí bồi thường đất cho dự án nhà máy nhà máy xử lý nước thải Yên Sở với giá trị dự toán 66,4 nghìn USD; chi phí luật chung với giá trị dự toán hơn 612 nghìn USD đề nghị giảm trừ khi quyết toán vốn đầu tư.
Đối với dự án đường trục phía Nam tỉnh Hà Tây cũ kiến nghị UBND thành phố Hà Nội yêu cầu Tổng công ty Xây dựng công trình giao thông 5 (Cienco 5) nộp ngay vào ngân sách Nhà nước 1.428 tỷ đồng, bao gồm 902 tỷ đồng chi phí lãi vay và 510 tỷ đồng tiền chênh lệch giữa tiền giá trị sử dụng đất và công trình BT.
Đối với dự án đường Lê Đức Thọ - Xuân Phương, yêu cầu UBND thành phố Hà Nội chỉ đạo UBND huyện Nam Từ Liêm và nhà đầu tư là Công ty Cổ phần Tasco giảm trừ tổng mức đầu tư hơn 19,5 tỷ đồng; yêu cầu nhà đầu tư tính thêm giá trị tiền sử dụng đất để nộp vào ngân sách nhà nước hơn 11,2 tỷ đồng do áp sai suất vốn đầu tư.
Đối với một số dự án khác như đường bao quanh khu tưởng niệm Chu Văn An, đường liên tỉnh Hà Nội - Hưng Yên, nút giao thông trung tâm quận Long Biên…Thanh tra Chính phủ cũng kiến nghị giảm trừ tổng mức đầu tư và loại khỏi danh mục quyết toán gần 100 tỷ đồng.