Tuy nhiên, do phát sinh đơn tố giác của một số hộ dân gửi ngày 25/9/2014 và tiếp sau đó là 02 đơn khiếu nại đông người của một số hộ dân thuộc KĐT mới Thủ Thiêm, UBND TP HCM đã lập Đoàn Kiểm tra liên ngành, làm việc với UBND quận 2 và tiếp xúc trực tiếp với từng hộ dân tại 03 phường: Bình An, Bình Khánh, An Khánh để tổng hợp ý kiến và báo cáo UBND TP. Mặc dù UBND TP đã có công văn trả lời các thắc mắc, kiến nghị của các hộ dân nhưng các hộ dân không đồng ý, phản ứng gay gắt, tổ chức tụ tập đông người tại Ban Tiếp công dân Trung ương, Văn phòng Chính phủ.
Đến ngày 10/6/2016, dưới sự chủ trì của Chủ tịch UBND TP HCM Nguyễn Thành Phong cùng đại diện Văn phòng Chính phủ, Trưởng Ban Tiếp công dân Trung ương, Cục trưởng Cục III - Thanh tra Chính phủ, Thanh tra Bộ Tài nguyên và Môi trường, Thanh tra Bộ Xây dựng, Chủ tịch HĐND TP HCM, UBMTTQ Việt Nam TP. HCM, UBND Quận 2 và các sở, ngành có liên quan tiếp xúc với đại diện các hộ dân. Tuy nhiên các hộ dân vẫn chưa đồng ý và tiếp tục phát biểu gay gắt tại buổi tiếp xúc cử tri, thường xuyên tụ tập đông người tại các cơ quan TP. HCM và Trung ương.
Kể từ khi tiếp nhận Công văn số 132/TTTP-P4 ngày 28/01/2016 của Thanh tra Thành phố, UBND quận 2 đã tạm dừng cưỡng chế thu hồi đất, do vậy tiến độ bồi thường, giải phòng mặt bằng từ đó rất chậm không đáp ứng được yêu cầu chỉ đạo của UBND TP. HCM. Đặc biệt là đã ảnh hưởng lớn đến tiến độ thi công của một số dự án đã được Thành phố chấp thuận giao đất dẫn đến các công trình trên chậm nghiệm thu, bàn giao và đưa vào sử dụng.
Chính vì vậy Hội đồng bồi thường, hỗ trợ thiệt hại và tái định cư KĐT mới Thủ Thiêm đề nghị áp dụng biện pháp cưỡng chế để thu hồi đất đối với các trường hợp không chấp hành chính sách và bàn giao mặt bằng.
Phó Thủ tướng Trương Hòa Bình đã yêu cầu UBND TP. HCM chỉ đạo kiểm tra hồ sơ lưu trữ xác định rõ, có hay không có Bản đồ quy hoạch KĐT mới Thủ Thiêm, tỷ lệ 1/5.000 theo Quyết định số 367/QĐ-TTg ngày 4/6/1996. Trường hợp không tìm thấy Bản đồ quy hoạch dự án KĐT mới Thủ Thiêm, tỷ lệ 1/5.000, UBND TP. HCM, Bộ Xây dựng phải đề xuất biện pháp giải quyết trước ngày 01/9/2016.
Ngoài ra, căn cứ vào quy hoạch dự án theo Quyết định 367/QĐ-TTg, UBND TP. HCM chủ trì, phối hợp với Bộ Xây dựng, Bộ Tài nguyên và Môi trường, Thanh tra Chính phủ kiểm tra, rà soát diện tích đất thu hồi của các hộ dân có hay không nằm trong quy hoạch, thống nhất biện pháp giải quyết và trả lời công dân.
Trong trường hợp diện tích thu hồi của các hộ dân nằm trong quy hoạch của dự án phải có biện pháp bồi thường, hỗ trợ, tái định cư theo quy định của pháp luật, bảo đảm quyền lợi hợp pháp của công dân. Trường hợp diện tích đất thu hồi của các hộ dân không nằm trong quy hoạch thì việc xử lý cũng phải đảm bảo quyền và lợi ích hợp pháp của công dân.
Đặc biệt, từ thời điểm này Phó Thủ tướng Trương Hòa Bính đã chỉ đạo xem xét và xử lý nghiêm các tổ chức, cá nhân có sai phạm liên quan đến việc thực hiện dự án. Báo cáo Thủ tướng Chính phủ kết quả trước ngày 01/10/2016.
Vào tháng 11/2017, Văn phòng Chính phủ cũng đã có văn bản số 549/TB-VPCP thông báo ý kiến kết luận của Phó Thủ tướng Trương Hòa Bình về việc giải quyết khiếu nại, tố cáo liên quan đến dự án KĐT mới Thủ Thiêm.
Trong đó nêu rõ Bản đồ quy hoạch KĐT mới Thủ Thiêm tỷ lệ 1/5.000 kém theo QĐ 367/QĐ-TTg ngày 04/6/1996 của Thủ tướng Chính phủ là văn bản pháp lý của dự án các bộ, ngành, UBND TP. HCM vẫn không tìm ra. Một lần nữa, Phó Thủ tướng tiếp tục chỉ đạo UBND TP HCM chủ động phối hợp với các bộ, ngành có liên quan xử lý những tồn tại, vướng mắc liên quan đến dự án, bảo đảm hài hòa lợi ích của nhà nước, nhà đầu tư, quyền và lợi ích hợp pháp của công dân.
