Ngoài ra, trong dự thảo này nếu doanh nghiệp tự ý can thiệp vào hệ thống công nghệ giám sát, quản lý thu phí, hệ thống thiết bị kiểm tra tải trọng phương tiện nhằm gian lận doanh thu thu phí cũng sẽ bị tạm dừng thu phí.
Trong khi đó, với các doanh nghiệp thu phí không chấp hành việc nâng cấp hệ thống công nghệ thu phí theo chủ trương của cơ quan nhà nước có thẩm quyền, Bộ GTVT yêu cầu dừng thu phí cho đến khi có cam kết thực hiện việc nâng cấp công nghệ thu phí theo quy định chung.
Trước đó, Nghị định 46 có hiệu lực từ 1/8 đưa ra nhiều mức phạt với đơn vị tổ chức thu phí đường bộ. Như phạt tiền 8- 10 triệu đồng được áp dụng với đơn vị thu phí đường bộ nếu vi phạm một trong các lỗi như để số ôtô xếp hàng từ 100 đến 150 xe hoặc chiều dài dòng xe xếp hàng 750- 1.000 m; thời gian qua trạm thu phí của một ôtô bất kỳ từ lúc dừng chờ đến lúc ra khỏi trạm lớn hơn 10-20 phút; Mức phạt 10- 20 triệu đồng được áp dụng nếu số ôtô xếp hàng từ 150 đến 200 xe hoặc chiều dài dòng xe 1-2 km; thời gian qua trạm lớn hơn 20-30 phút; Mức phạt 30-40 triệu đồng được áp dụng nếu số ôtô xếp hàng chờ hơn 200 xe hoặc chiều dài dòng xe hơn 2 km; thời gian qua trạm lớn hơn 30 phút.
Ngoài ra, nếu không chấp hành yêu cầu của cơ quan quản lý nhà nước có thẩm quyền về việc khắc phục ùn tắc giao thông thì đơn vị thu phí sẽ bị phạt tiền từ 50 đến 70 triệu đồng.