Cụ thể, theo cáo cáo nhanh của Ban Chỉ huy PCTT-TKCN Bộ Chỉ huy Bộ đội Biên phòng tỉnh Quảng Bình, vào lúc 09h30 ngày 11/9/2016, tàu cá QB 33250TS cùng 6 thuyền viên, trên đường vào bờ thì bị nạn. Khi tàu còn cách Mũi Độc 38 hải lý về phía Đông Đông Bắc thì phát hiện thuyền viên Phạm Thanh Ngân (SN 1970, ở xã Quảng Châu, huyện Quảng Trạch) đi vệ sinh và mất tích. Các thuyền viên trên tàu đã tổ chức tìm kiếm đến 15h00 cùng ngày nhưng không có kết quả.
Báo cáo của Văn phòng thường trực BCH PCTT&TKCN tỉnh Thừa Thiên Huế cho biết, vào khoảng 19h30 ngày 11/9/2016, tàu QNg 0279 cùng 3 người thuộc Công ty Mạnh Cường đang nạo vét cửa biển Tư Hiền, trên đường di chuyển từ cảng Chân Mây vào Đà Nẵng đã bị sóng đánh chìm. Ngay sau khi nhận tin báo, Bộ Chỉ huy Bộ đội biên phòng đã phối hợp với Công ty cảng Chân Mây điều tàu phối hợp với đồn Biên phòng cửa khẩu Chân Mây cứu vớt được 3 người trên tàu, hiện nay sức khỏe 3 thuyền viên ổn định.
Chiều 12/9, Văn phòng thường trực BCH PCTT&TKCN tỉnh Quảng Ngãi báo cáo đã có 2 tàu cá bị mắc cạn do bão số 4. Cụ thể, tàu cá QNg 44627TS cùng 3 lao động do ông Phạm Văn Hùng (SN 1967, làm thuyền trưởng kiêm chủ phương tiện) và tàu QNg 92936TS cùng 3 lao động (do ông Nguyễn Ca, SN 1984 làm chủ phương tiện) bị sóng đánh chìm vào lúc 12h30 ngày 12/9 khi trên đường về bến và đang mắc cạn tại Cửa Đại. Nhận được tin báo, cơ quan chức năng đã có mặt ứng cứu, đưa 6 ngư dân trên tàu vào bờ an toàn và lên phương án tổ chức cứu kéo tàu.
Ngày 12/9, Bộ Chỉ huy Bộ đội Biên phòng tỉnh Khánh Hòa cho biết, vào lúc 6h00 ngày 12/9, tàu KH 99997TS và 6 lao động, do ông Võ Văn Vẻ (SN 1980, trú Tổ 2, Trí Nguyên, Vĩnh Nguyên, Nha Trang) làm chủ đã bị sự cố thủng đáy và bị sóng đánh chìm cách Đông Bắc đảo Trường Sa Lớn, khoảng 25 hải lý. Các thuyền viên đã chèo thuyền thúng sang tàu Trung Huy 588 đang neo đậu ở Đông Bắc đảo Trường Sa Lớn, hiện sức khỏe 6 thuyền viên bình thường.
Trước đó, để kịp thời ứng phó với bão số 4, tính đến cuối ngày 12/9, các lực lượng đã thông báo và hướng dẫn cho tổng số 41.857 tàu/186.568 lao động đang hoạt động trên biển biết vị trí, hướng di chuyển của bão để chủ động trú tránh.