Giữa tháng 9/2017, Cục Thuế TP.HCM sau khi tiến hành thanh tra Công ty TNHH Uber B.V (Hà Lan) đã ra quyết định phạt tiền Uber về hành vi kê khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp gần 10,3 tỷ đồng, đồng thời truy thu thuế với số tiền gần 51,48 tỷ đồng và yêu cầu Uber phải nộp thêm số tiền chậm nộp tính đến ngày 31/8/2017 là hơn 4,9 tỷ đồng. Như vậy tổng cộng Uber B.V phải nộp số tiền truy thu, phạt và tiền chậm nộp là hơn 66,68 tỷ đồng.
Theo Uber B.V, công văn 1882/TCT-CS 2016 của Tổng cục Thuế yêu cầu "công ty này chỉ kê khai nộp thuế tại thời điểm sau khi có công văn hướng dẫn", còn Bộ Tài chính lại cho rằng Công văn 1882 chỉ có tính chất hướng dẫn chính sách thuế chứ không phải thời hiệu thi hành.
Tuy nhiên,Bộ Tài chính đã bác khiếu nại của Uber B.V Hà Lan về quyết định truy thu 66,68 tỷ đồng thuế của Cục Thuế TP.HCM.
"Quan điểm của Cục Thuế TP.HCM đã rõ, chúng tôi truy thu thuế là đúng, còn việc Uber kiện ra tòa hay không thì quyền của họ nhưng điều đó cũng không thay đổi được việc truy thu thuế", bà Hương nói thêm.
Theo Bộ Tài chính cho biết trong quá trình thanh tra thuế Công ty TNHH Uber Việt Nam, Cục Thuế Tp.HCM đã xác định Công ty TNHH Uber B.V Hà Lan có thu nhập phát sinh tại Việt Nam, thông qua việc điều hành cung cấp dịch vụ vận chuyển khách hàng thông qua các đối tác lái xe.
Căn cứ theo quy định về xác định cơ sở thường trú của pháp luật Việt Nam, theo Hiệp định tránh đánh thuế hai lần ký giữa hai chính phủ và kết quả thanh tra thuế tại Công ty TNHH Uber Việt Nam, cơ quan thuế xác định các lái xe được xem là các cơ sở thường trú của Uber B.V Hà Lan tại Việt Nam.
Do Uber B.V Hà Lan có thu nhập phát sinh tại Việt Nam thông qua các cơ sở thường trú nên có nghĩa vụ nộp thuế nhà thầu theo quy định.
Khác với Grab, trường hợp xác định thuế với Uber lại gây nhiều khó khăn cho cơ quan quản lý hơn do Uber Hà Lan không đủ điều kiện nộp thuế Giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ.
Theo đó, Bộ Tài chính đang áp dụng phương pháp tính thuế trực tiếp trên tổng doanh thu:Công ty Uber B.V Hà Lan sẽ được tính thuế Giá trị gia tăng trên doanh thu được hưởng theo tỷ lệ là 3%. Thuế Thu nhập doanh nghiệp trên doanh thu được tính theo tỷ lệ 2%. Với phương án thu thuế này, Uber Việt Nam sẽ nộp thuế thay cho Uber B.V (Hà Lan).
Về phần thuế phải nộp của các tài xế, họ phải nộp theo tỉ lệ 3% đối với VAT và 1,5% đối với thuế thu nhập cá nhân trên doanh thu được hưởng. Khoản thuế này sẽ do Uber Việt Nam kê khai nộp hộ.
Ở một diễn biến liên quan, tòa án cấp cao nhất của Liên minh châu Âu (EU) ngày 20/12 ra phán quyết mang tính cột mốc khi khẳng đinh Uber là một dịch vụ vận tải và chịu sự điều tiết như các hãng taxi khác, không phải là công ty công nghệ gọi xe qua ứng dụng.
Tại Việt Nam, việc gọi Uber là taxi hay doanh nghiệp công nghệ vẫn chưa ngã ngũ, ông Vũ Văn Viện, Giám đốc Sở Giao thông Vận tải Hà Nội, cho rằng Uber cũng như Grab phải được quản lý như taxi vì loại hình này có bản chất hoạt động tương tự taxi.