Ủy ban chỉ đạo quốc gia do Phó Thủ tướng Chính phủ Vương Đình Huệ làm Trưởng ban. Bộ trưởng Bộ Tài chính làm Phó Trưởng ban.
Các Ủy viên gồm Thứ trưởng các Bộ: Công an, Công Thương, Giao thông Vận tải, Kế hoạch và Đầu tư, Khoa học và Công nghệ, Ngoại giao, Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Quốc phòng, Tài chính, Tài nguyên và Môi trường, Thông tin và Truyền thông, Tư pháp, Văn hóa, Thể thao và Du lịch, Xây dựng, Y tế, Nội vụ; Phó Thống đốc Ngân hàng Nhà nước Việt Nam; Phó Chủ nhiệm Văn phòng Chính phủ; Tổng Cục trưởng Tổng cục Hải quan; Lãnh đạo Phòng Thương mại và Công nghiệp Việt Nam.
Cơ quan thường trực của Ủy ban chỉ đạo quốc gia đặt tại Tổng cục Hải quan (Bộ Tài chính).
Ủy ban chỉ đạo quốc gia là tổ chức phối hợp liên ngành giúp Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo, phối hợp, hướng dẫn, kiểm tra và tổ chức thực hiện Cơ chế một cửa ASEAN, Cơ chế một cửa quốc gia theo quy định của Hiệp định và Nghị định thư về xây dựng và thực hiện cơ chế một cửa ASEAN; triển khai các giải pháp đồng bộ để tạo thuận lợi cho thương mại và giao lưu hàng hóa qua biên giới.
Bên cạnh đó, còn có nhiệm vụ giúp Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo, điều hành, phối hợp hoạt động của các Bộ, cơ quan ngang Bộ; các cơ quan, tổ chức khác có liên quan trong việc thực hiện các nhiệm vụ: Xây dựng và triển khai Cơ chế một cửa ASEAN, Cơ chế một cửa quốc gia; triển khai các giải pháp đồng bộ để tạo thuận lợi cho thương mại và giao lưu hàng hóa qua biên giới.
Đồng thời, xem xét, nghiên cứu, có ý kiến về việc sửa đổi, bổ sung, bãi bỏ hoặc xây dựng mới hệ thống văn bản quy phạm pháp luật phù hợp với yêu cầu triển khai, vận hành Cơ chế một cửa ASEAN, Cơ chế một cửa quốc gia và cam kết tại các điều ước quốc tế mà Việt Nam ký kết, gia nhập nhằm tạo thuận lợi cho thương mại và giao lưu hàng hóa qua biên giới trước khi trình cấp có thẩm quyền xem xét, ban hành.
Phê duyệt theo thẩm quyền hoặc cho ý kiến về kết quả xây dựng và thực hiện Cơ chế một cửa ASEAN, Cơ chế một cửa quốc gia, và các giải pháp tạo thuận lợi cho giao lưu hàng hóa qua biên giới do Cơ quan thường trực của Ủy ban chỉ đạo quốc gia và các cơ quan, tổ chức liên quan trình, trước khi trình Thủ tướng Chính phủ xem xét, phê duyệt.
Ngoài ra, Ủy ban chỉ đạo quốc gia có nhiệm vụ kiến nghị việc cử đại diện của Việt Nam tham gia Ban chỉ đạo của ASEAN, các Nhóm làm việc ASEAN về Cơ chế một cửa ASEAN và các Nhóm hoặc cơ cấu làm việc theo yêu cầu của việc triển khai các điều ước quốc tế mà Việt Nam ký kết, gia nhập có liên quan đến tạo thuận lợi cho thương mại và giao lưu hàng hóa qua biên giới; hướng dẫn, kiểm tra, đôn đốc việc thực hiện Cơ chế một cửa ASEAN, Cơ chế một cửa quốc gia và các giải pháp tạo thuận lợi cho thương mại và giao lưu hàng hóa qua biên giới.
