Có hiệu lực từ giữa tháng 3/2017, Quyết định 738 của Bộ NN&PTNT quy định chương trình nông nghiệp ứng dụng CNC là chương trình tổng thể có mục tiêu chung, giải quyết chuỗi các vấn đề trong sản xuất kinh doanh nông nghiệp, trong đó gồm các dự án nông nghiệp ứng dụng CNC.
Dự án nông nghiệp ứng dụng CNC phải đáp ứng được một trong các tiêu chí: dự án đầu tư thực hiện trong khu nông nghiệp ứng dụng CNC đã được cấp có thẩm quyền quyết định thành lập khu; dự án trong vùng nông nghiệp ứng dụng CNC đã được UBND tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương quyết định công nhận vùng; dự án của doanh nghiệp nông nghiệp ứng dụng CNC đã được Bộ NN&PTNT cấp giấy chứng nhận là doanh nghiệp nông nghiệp ứng dụng CNC; dự án nông nghiệp ứng dụng CNC khác không thuộc các điểm nêu trên là dự án áp dụng các công nghệ được tích hợp từ thành tựu KH&CN hiện đại, tạo ra sản phẩm có chất lượng, tính năng vượt trội, giá trị gia tăng cao, thân thiện với môi trường thuộc Danh mục được ban hành kèm theo Quyết định 738.
Đối với các dự án nông nghiệp sạch, Quyết định 738 cũng quy định rõ, là dự án sản xuất các sản phẩm nông nghiệp đáp ứng một trong các tiêu chí: dự án thực hiện tại các cơ sở sản xuất kinh doanh được cấp Giấy chứng nhận đủ điều kiện an toàn thực phẩm theo quy định tại Thông tư 48 ngày 12/11/2013 của Bộ trưởng Bộ NN&PTNT quy định về kiểm tra, chứng nhận an toàn thực phẩm thủy sản xuất khẩu; dự án thực hiện tại các cơ sở sản xuất kinh doanh được cấp Giấy chứng nhận cơ sở sản xuất kinh doanh nông lâm thủy sản đủ điều kiện an toàn thực phẩm theo quy định tại Thông tư 48 ngày 3/12/2014 của Bộ trưởng Bộ NN&PTNT quy định việc kiểm tra cơ sở sản xuất kinh doanh vật tư nông nghiệp và kiểm tra, chứng nhận cơ sở sản xuất, kinh doanh nông lâm thủy sản đủ điều kiện an toàn thực phẩm; dự án của doanh nghiệp được cấp giấy chứng nhận doanh nghiệp ứng dụng CNC theo quy định tại Thông tư 50 ngày 15/7/2011 hướng dẫn thực hiện Quyết định 69 ngày 3/11/2010 của Thủ tướng Chính phủ về thẩm quyền, trình tự, thủ tục công nhận doanh nghiệp nông nghiệp ứng dụng CNC; dự án sản xuất sản phẩm nông nghiệp được cấp Giấy chứng nhận VietGAP theo Thông tư 48 ngày 26/9/2012 của Bộ trưởng Bộ NN&PTNT quy định về chứng nhận sản phẩm thủy sản, trồng trọt, chăn nuôi được sản xuất, sơ chế phù hợp với quy trình thực hành sản xuất nông nghiệp tốt.
Bên cạnh đó, theo quy định, dự án đầu tư mới vào sản xuất nông nghiệp sạch áp dụng các quy trình thực hành sản xuất nông nghiệp tốt cấp quốc gia hoặc quốc tế tương đương VietGAP, GlobalGAP, ASC, IMC… cũng là dự án nông nghiệp sạch.
Cùng với việc ban hành tiêu chí xác định chương trình, dự án nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao, nông nghiệp sạch, Bộ NN&PTNT cũng ban hành Danh mục gồm 4 nhóm CNC ứng dụng trong nông nghiệp, bao gồm: Công nghệ sinh học trong nông nghiệp; Kỹ thuật canh tác, nuôi trồng, bảo quản; Công nghệ tự động hóa; Công nghệ sản xuất vật tư nông nghiệp.
Trong quá trình thực hiện, Bộ NN&PTNT sẽ định kỳ rà soát, điều chỉnh tiêu chí chương trình, dự án nông nghiệp ứng dụng CNC, nông nghiệp sạch và bổ sung Danh mục CNC ứng dụng trong nông nghiệp để đáp ứng yêu cầu thực tiễn.