Cụ thể, tại Dự án Tổ hợp đa năng 28 tầng thuộc Dự án Làng quốc tế Thăng Long (Dịch Vọng-Cầu Giấy, Hà Nội) có diện tích 11.088 m2 do Tổng công ty Xây dựng Hà Nội làm Chủ đầu tư, qua thanh tra trong đợt thanh tra 38 dự án bất động sản trên địa bàn Hà Nội giai đoạn 2002-2014 mới kết thúc trong tháng 5/2017, Thanh tra Chính phủ đã có một số kết luận về thuế với Tổng công ty Xây dựng Hà Nội tại dự án này.
Dự án trên được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt theo quyết định số 819/QĐ-TTg từ năm 1996, sau này có điều chỉnh, bổ sung, giao cho Tổng công ty Xây dựng Hà Nội làm chủ đầu tư, thực hiện dự án.
Đến tháng 2/2010, UBND thành phố Hà Nội có văn bản cho phép Tổng công ty này sử dụng 11.068 m2 đất tại phường Dịch Vọng, Cầu Giấy thuộc dự án Làng quốc tế Thăng Long để xây dựng Tổ hợp công trình đa năng 28 tầng.
Trong văn bản đó đã nêu rõ: "Tổng công ty Xây dựng Hà Nội thực hiện nghĩa vụ đối với 30% diện tích sàn nhà ở nộp vào quỹ nhà ở của Thành phố theo phương thức nộp tiền chênh lệch giữa giá bán kinh doanh và giá thành".
Qua thanh tra dự án này, Thanh tra Chính phủ phát hiện, mặc dù chủ đầu tư dự án đã xây dựng đúng theo quy hoạch chi tiết tỷ lệ 1/500, đã nộp tiền sử dụng đất vào ngân sách số tiền trên 119,34 tỷ đồng nhưng chưa nộp tiền của 30% quỹ nhà vào ngân sách thành phố.
"Đoàn thanh tra tạm tính số tiền phải nộp là 247,224 tỷ đồng (làm tròn)", kết luận của Thanh tra Chính phủ nêu.
Tuy nhiên, về điểm này, phản hồi với Dân trí, Tổng công ty Xây dựng Hà Nội lại cho biết, Tổng công ty này chưa nhận được văn bản nào từ Thanh tra Chính phủ yêu cầu phải nộp số tiền trên.
Theo Thanh tra Chính phủ, việc Sở Tài nguyên và Môi trường Hà Nội tham mưu để UBND thành phố Hà Nội cho phép Hancorp được nộp chênh lệch giữa giá bán và giá thành xây dựng của 30 quỹ nhà tại quyết định giao đất là không đúng với quyết định số 123/2001/QĐ-UB ngày 6/12/2001 của UBND thành phố Hà Nội về dự án này.
Đáng chú ý, Thanh tra còn cho rằng, việc xác định tiền sử dụng đất của dự án do liên ngành của Thành phố thực hiện theo phương pháp thặng dư để xác định chi phí phát triển đã đưa vào khoản chi phí dự phòng là không đúng quy định tại Thông tư số 145/TT-BTC của Bộ Tài chính ban hành ngày 6/12/2007, gây thất thu cho ngân sách nhà nước.
Thanh tra Chính phủ đã xác định khoản lãi tiền vay đã đưa vào tổng chi phí phát triển khi tính tiền sử dụng đất của dự án là trên 36,8 tỷ đồng.