Việc thanh tra sẽ tiến hành theo các giai đoan khác nhau, theo đó, các đối tượng thực hiện thanh tra trong các năm do sở TN&MT căn cứ vào tình hình thực tế, đề xuất danh sách gửi về Tổng cục Quản lý đất đai trước ngày 15/8 của năm trước năm thực hiện thanh tra.
Giai đoạn 2016- 2017, Bộ sẽ thanh tra việc chấp hành pháp luật trong quản lý đất đai các cấp huyện, xã tại 3 tỉnh, mỗi tỉnh 1 đơn vị cấp huyện và 2 đơn vị cấp xã là TP. Việt Trì (Phú Thọ), thị xã Hồng Lĩnh (Hà Tĩnh) và TP. Nha Trang (Khánh Hóa). Riêng các tỉnh Lâm Đồng, An Giang và Bình Phước sẽ kế thừa kết quả thanh tra trong năm 2016 để tổng hợp, đánh giá. Đồng thời, thanh tra việc thực hiện thủ tục hành chính đất đai tại 5 tỉnh, thành phố, mỗi địa phương thanh tra thủ tục hành chính do cấp tỉnh và 2 đơn vị cấp huyện thực hiện.
Năm 2018, thanh tra việc quản lý và sử dụng đất tại các khu công nghiệp, cụm công nghiệp, khu kinh tế tại 6 tỉnh, thành phố là Thái Nguyên, Bắc Ninh, Bình Định, Đồng Nai, Cần Thơ và TPHCM. Trong đó mỗi địa phương sẽ thanh tra 3 khu công nghiệp, khu kinh tế có dấu hiệu vi phạm.
Năm 2019, thanh tra việc quản lý, sử dụng đất tại các cơ sở sản xuất, kinh doanh ngoài khu công nghiệp có dấu hiệu vi phạm pháp luật đất đai tại 6 tỉnh là Bắc Giang, Hà Nam, Hải Dương, Nghệ An, Bình Dương và Tây Ninh. Mỗi tỉnh thanh tra 6 cơ sở sản xuất kinh doanh; Năm 2020, thanh tra việc chấp hành pháp luật đất đai trong quản lý sử dụng đất trồng lúa tại tỉnh Hưng Yên, Thái Bình, Ninh Bình, Quảng Ngãi, Long An và Hậu Giang.
Tổng cục Quản lý đất đai có trách nhiệm theo dõi, đôn đốc, kiểm tra hằng năm việc thực hiện các kết luận thanh tra đã thực hiện tại các địa phương từ năm 2013 đến trước năm 2013. Đồng thời, theo dõi, đôn đốc, hướng dẫn và tổng hợp kết quả hằng năm để báo cáo Thủ tướng Chính phủ.
Các sở TN&MT chịu trách nhiệm tổng hợp, báo cáo kết quả, tiếp nhận và giải quyết các thông tin phản ánh vi phạm ở địa phương về Tổng cục Quản lý đất đai trước ngày 30/11 hằng năm, để tổng hợp và báo cáo. UBND cấp tỉnh kiểm tra, chỉ đạo việc thực hiện nội dung này.
Dựa trên kết quả thanh, kiểm tra, xử lý vi phạm theo từng năm, Tổng cục Quản lý đất đai sẽ đề xuất hoàn thiện các nghị định và thông tư quy định chi tiết thi hành Luật Đất đai và các quy định về xử phạt hành chính, nhằm hoàn thiện chính sách pháp luật đất đai.
