Trước đó, UBND tỉnh Bình Thuận đã có văn bản gửi Bộ NN&PTNT xin giảm 1.060 ha tại Khu bảo tồn biển Hòn Cau (toàn khu bảo tồn này có diện tích 12.500 ha) nhường đất cho các nhà máy nhiệt điện ở Vĩnh Tân.
Tuy nhiên Bộ NN&PTNT có công văn khẳng định, diện tích 12.500 ha của Khu bảo tồn biển Hòn Cau đã được tính toán để đảm bảo được các mục tiêu bảo vệ, bảo tồn các hệ sinh thái rạn san hô, cỏ biển, các loài động thực vật biển và các loài quý hiếm.
Do đó, việc đề xuất điều chỉnh giảm diện tích đến 1.060 ha sẽ ảnh hưởng rất lớn đến các mục tiêu, chức năng và thậm chí phá vỡ quy hoạch Hòn Cau. Việc thu hẹp diện tích khu bảo tồn biển ảnh hưởng rất lớn đến quần thể san hô nguyên thủy dài hơn 2 km với gần 234 loại san hô, cỏ biển và các động thực vật khác quý hiếm tại vùng biển này. Đặc biệt là các rạn ngầm là bãi đẻ của tôm hùm bông, tôm hùm đỏ và tôm hùm xanh phân bố tại khu vực Hòn Cau.
Ngoài ra, việc giảm diện tích Khu bảo tồn biển Hòn Cau cũng làm ảnh hưởng đến mục tiêu bảo vệ các khu bảo tồn biển đến năm 2020 mà Thủ tướng Chính phủ đã ban hành nên Bộ NN&PTNT phản đối đề nghị của UBND Bình Thuận và đề nghị tỉnh báo cáo Bộ TN&MT xem xét lại đánh giá tác động môi trường của dự án này tới Khu bảo tồn biển Hòn Cau.