Ngay sau khi có mặt tại hiện trường, đại diện Cục Cảnh sát hình sự, Viện Khoa học hình sự, Cục Cảnh sát giao thông đã phối hợp với Công an tỉnh Quảng Nam để tổ chức điều tra vụ việc.
Qua điều tra ban đầu, cơ quan công an xác định, chiều ngày 26/2, tàu du lịch cao tốc mang số hiệu QNa1152 của Công ty Du lịch Phương Đông do ông Lê Sen (52 tuổi, ở phường Cửa Đại, TP Hội An) điều khiển chở 39 người trong đó có 36 hành khách, 3 thuyền viên, xuất bến từ đảo Cù Lao Chàm để vào đất liền. Khi đến vị trí cách Trạm Biên phòng Cửa Đại chừng 1 hải lý thì bị sóng lớn đánh chìm.
Cơ quan công an xác định, hành khách trên tàu đã được trang bị áo phao và mặc áo phao trước khi xuất phát, bố trí ghế ngồi đầy đủ.
Tiếp tục kiểm tra phương tiện, cơ quan công an xác nhận tàu du lịch QNa1152 được cấp giấy chứng nhận an toàn kỹ thuật có hiệu lực đến ngày 19/1/2023, trọng tải toàn phần, số lượng người được phép chở sức kéo đẩy là 4,1 tấn, tương ứng 35 hành khách. Thuyền trưởng Lê Sen có chứng chỉ chuyên môn phương tiện thủy nội địa hạng 3, đủ điều kiện điều khiển phương tiện.
Theo lãnh đạo Công an tỉnh Quảng Nam, hiện các lực lượng đang tiếp tục phối hợp tìm kiếm 2 nạn nhân mất tích còn lại và lấy lời khai những người liên quan để làm rõ nguyên nhân tai nạn. Ngoài ra, lực lượng chức năng đang làm việc với chủ tàu để trục vớt, khám nghiệm phương tiện… để làm rõ vụ tai nạn.