Vụ án xảy ra tại Tập đoàn Phúc Sơn do Nguyễn Văn Hậu (tức Hậu "Pháo") làm Chủ tịch, Cơ quan CSĐT Bộ Công an đã đề nghị truy tố 41 bị can. Nhiều người trong số đó từng là lãnh đạo các tỉnh Vĩnh Phúc, Quảng Ngãi, Phú Thọ.
Theo kết luận điều tra, trong nhiều năm qua, Hội đồng định giá tài sản các cấp đã sử dụng kết quả định giá từ các doanh nghiệp thẩm định giá làm căn cứ quyết định nghĩa vụ tài chính của chủ đầu tư dự án đối với Nhà nước. Tuy nhiên, một số cá nhân tại các doanh nghiệp thẩm định giá đã có hành vi tiêu cực, làm sai lệch kết quả định giá, gây thiệt hại cho tài sản Nhà nước.
Trong lĩnh vực đầu tư xây dựng, cơ quan điều tra cũng chỉ ra rằng, để có năng lực tài chính tham gia các dự án, một số doanh nghiệp đã móc nối với các công ty kiểm toán để làm giả, nâng khống số liệu về doanh thu, vốn chủ sở hữu, từ đó hợp thức hóa điều kiện tham gia thầu. Kết quả là nhiều nhà thầu không đủ năng lực vẫn trúng thầu, dẫn đến tình trạng dự án kéo dài, bán thầu, gây lãng phí tài sản công.
Cơ quan điều tra đánh giá, vụ án Tập đoàn Phúc Sơn và các đơn vị liên quan là vụ án điển hình cho việc nhà thầu thi công câu kết, thông đồng, móc ngoặc với chủ đầu tư.
Theo đó, chủ đầu tư tiết lộ, cung cấp thông tin dự toán gói thầu tạo điều kiện cho doanh nghiệp trúng thầu với giá sát dự toán gói thầu. Ngoài ra, chủ đầu tư xây dựng dự toán sử dụng đơn giá nguyên vật liệu theo công bố của các Bộ, ngành, địa phương nhưng không quan tâm tới giá thực tế thị trường dẫn tới dự toán được xây dựng với giá rất cao, không tiết kiệm, dẫn tới thất thoát ngân sách Nhà nước, tổ chức.
Trước thực trạng này, Cơ quan CSĐT Bộ Công an đã kiến nghị Bộ Tài chính tăng cường giám sát, công khai hoạt động định giá tài sản, tránh để các đối tượng can thiệp làm sai lệch kết quả. Đồng thời, cần kiểm soát chặt chẽ hoạt động kiểm toán, đảm bảo báo cáo tài chính phản ánh đúng thực tế, tránh nâng khống năng lực doanh nghiệp.
Ngoài ra, Bộ Xây dựng được đề xuất rà soát, sửa đổi các quy định về đơn giá, định mức xây dựng để đảm bảo phù hợp với thị trường. Các nhà thầu cần cam kết thực hiện dự án với chi phí hợp lý, tránh thất thoát tài sản Nhà nước.
Bên cạnh đó, Bộ Tài chính và UBND các tỉnh cần xem xét xử lý hành chính đối với các công ty thẩm định giá, tư vấn đấu thầu có sai phạm. Biện pháp bao gồm đình chỉ kinh doanh, thu hồi giấy chứng nhận đủ điều kiện kinh doanh dịch vụ. Đối với các cá nhân liên quan đến vụ án nhưng chưa đủ căn cứ truy cứu trách nhiệm hình sự, các cơ quan chủ quản cần xem xét xử lý nghiêm theo quy định hiện hành. Những sai phạm mới phát hiện sẽ tiếp tục được điều tra và xử lý trong giai đoạn sau.
Ngoài các bị can đã khởi tố, Cơ quan CSĐT kiến nghị xử lý hành chính đối với một số cá nhân liên quan chưa đủ cơ sở truy cứu trách nhiệm hình sự. Các tài liệu liên quan đến hành vi sai phạm của những cá nhân khác sẽ được tách riêng, tiếp tục điều tra và xử lý trong thời gian tới.
Trong vụ án này, Hậu bị cáo buộc đã hối lộ 72,5 tỷ đồng và 2,62 triệu USD (tổng 132,2 tỷ đồng) cho 8 quan chức tại Vĩnh Phúc, Quảng Ngãi. Trong đó hai người nhận nhiều tiền nhất là cựu Bí thư Tỉnh uỷ Vĩnh Phúc Hoàng Thị Thúy Lan với 47,9 tỷ đồng và Chủ tịch UBND tỉnh Vĩnh Phúc Lê Duy Thành, 49,8 tỷ đồng.
Các sai phạm của Hậu còn đã gây thiệt hại cho Nhà nước hơn 963 tỷ đồng, trong đó thiệt hại về kế toán 504 tỷ đồng, đấu thầu 495 tỷ đồng.